Causas análogas - también de tipo geológico - a las que  hacen difícil el aprovechamiento  de las  aguas superficiales  han hecho de Tenerife  una  isla rica  en recursos subterráneos.  

El flujo subterráneo en la Isla, sin contar los acuíferos colgados,  se produce en un sistema acuífero único, aunque muy heterogéneo y anisótropo. Las entradas al sistema son la  recarga de lluvia y, en menor medida, los retornos de riegos; y las salidas, el flujo al mar y las extracciones mediante pozos y galerías. El agua almacenada en el  subsuelo se encuentra limitada por dos superficies, la inferior nombrada como  zócalo impermeable y la superior denominada superficie freática. Cuando las salidas del sistema acuífero  superan  a las  entradas,  como  viene  sucediendo  desde comienzos del siglo pasado,  el déficit se cubre con el aporte de reservas; lo que origina un descenso de la superficie  freática.

A pesar de la sencillez del modelo conceptual, la complejidad del modelo geoestructural y la variabilidad de las características del subsuelo, determinan la necesidad de recurrir a Modelos de simulación del Flujo Subterráneo (MFS) para cuantificar los términos del balance, especialmente el flujo al mar, y establecer el orden de magnitud de los parámetros hidrogeológicos representativos (permeabilidad y coeficiente de almacenamiento).

Aunque está previsto que disminuya la aportación de recursos subterráneos en 2015 y 2027  (un 15 y un 27 % inferior a la de 2005), las prognosis realizadas con el MFS ponen de manifiesto que, a escala insular, el nivel freático seguirá descendiendo. Por ello, el PHT plantea objetivos medioambientales menos rigurosos en esta materia.

Otro problema que ha de afrontarse en relación con los recursos subterráneos es la pérdida de calidad. Ésta obedece a dos tipos de factores: unos naturales (interacción agua-roca y actividad volcánica residual) y otros  relacionados con la contaminación (intrusión marina y recarga con vertidos derivados de la actividad humana).

En las zonas con evidencia de contaminación, se plantea - al igual que para los aspectos cuantitativos - la necesidad de establecer objetivos ambientales menos rigurosos en relación con el estado químico. Dadas las características de la zona de transito, especialmente su elevada potencia, y la variabilidad del régimen de lluvias, no resulta fácil establecer relaciones causa – efecto.