La incorporación de las aguas costeras a la planificación hidrológica es una de las novedades que se derivan de la Directiva Marco del Agua (DMA). En el PHT las aguas costeras, más que como un recurso, se las toma en consideración por las actividades que soportan: portuaria, pesca, acuicultura, baño y otros usos recreativos. Estas actividades, así como los vertidos de tierra al mar (efluentes urbanos, industriales, salmueras, etc.), pueden afectar tanto a su calidad como a su conservación.

Para la delimitación y caracterización de las masas de agua se ha seguido básicamente lo dispuesto por la DMA, estableciendo varios tipos entre los que se incluyen las masas muy modificadas (ámbitos portuarios).

En términos generales, el estado ecológico de las masas de agua superficiales costeras de la Demarcación es bueno, a excepción de zonas de contaminación muy localizada, como puede ser a la salida de emisarios submarinos.

Se propone la gestión y protección de las aguas costeras desde una perspectiva integradora, que fomenta la cooperación interadministrativa y la incorporación de nuevos agentes.