El escaso desarrollo de las infraestructuras de saneamiento imposibilita la recogida de unos 25 hm³ de aguas residuales. Actualmente se canalizan a través de estas redes un 60,5% de las aguas generadas, depurándose unas dos terceras partes. Asimismo, se vierten al subsuelo unos 27 hm³ de aguas residuales, no conectadas a la red de saneamiento, una vez tratadas en estaciones autorizadas. 

Se ha constatado la existencia de 107 conducciones de vertido entre desagües y emisarios submarinos. En un 34% de los casos el vertido se realiza sin tratamiento previo.